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El Moulouya nace en el Atlas
Medio, y discurre unos 520 km en dirección noreste
primero para luego virar al norte, hasta desembocar
en el mar Mediterráneo, a unos kilómetros al este
del Cabo de Agua, y muy
próximo a la frontera
argelina.
Su cuenca tiene una superficie de 54.500 km², siendo la mayor cuenca hidrográfica de Marruecos y de los ríos no saharianos de norte de África.
Las islas Chafarinas se encuentran situadas a unas cuatro millas frente a la desembocadura, la cual forma un delta de 4 km de anchura y 20 km de longitud.
La zona de la desembocadura y su conjunto de terrenos pantanosos constituyen un enclave de interés biológico y ecológico de alrededor de 3.000 hectáreas, incluida dentro de la lista internacional Ramsar de humedales. En la cuenca fluvial del Moulouya predomina un clima mediterráneo semiárido, siendo las precipitaciones muy irregulares. Su caudal medio es de 34 m³ por segundo, si bien bastante irregular, lo que origina que el río no sea navegable.
